Больница была основана в 1928 г. как больница-колония для беспризорников им. Ф.Э. Дзержинского. С 1937 г. больница перешла в подчинение Мосгорздрава и в 1938 г. открылась как детская больница Краснопресненского района.
Детская городская клиническая больница № 9 им. Г.Н. Сперанского является одним из крупнейших учреждений городского здравоохранения, оказывающим высококвалифицированную экстренную и плановую медицинскую помощь детям и подросткам по основным специальностям: хирургия, педиатрия, инфекция, кардиология, неонатология, отоларингология, иммунология, неврология.
Коечный фонд детской больницы составляет 820 коек и 24 реанимационных койки (хирургических и инфекционных). Больница оказывает помощь детям со сложными заболеваниями всех органов жизнеобеспечения. Ежегодно оказывается помощь 22 000 — 24 000 детей стационарно, около 50 000 амбулаторно, проводится около 7000 операций.